《漫威午夜之子》以漫威於 90 年代連載的漫畫《午夜之子的崛起》為基礎。遊戲中玩家將扮演漫威宇宙首位可自訂的原創英雄「獵人」,從長達數世紀的沉睡中甦醒,領導黑暗英雄組成的「午夜之子」攜手復仇者聯盟、X 戰警、離家童盟等英雄團隊反抗黑暗勢力,搶在黑暗神書完成前聯手擊敗惡魔之母「莉莉絲」。
故事敘述邪惡勢力九頭蛇透過結合黑魔法與科學的扭曲手段,喚醒了沉睡數世紀的惡魔之母莉莉絲。她將不擇手段實現古老預言,把邪惡主宰「桑恩」帶回人間。在走投無路下,復仇者聯盟決定以毒攻毒,徵召身懷超自然力量的午夜之子年輕英雄「妮可‧米諾魯」、「刀鋒戰士」、「秘客」和「惡靈戰警」協助阻止莉莉絲。眾人將攜手復活獵人這位古老戰士,他 / 她不只是莉莉絲的棄兒,也是史上唯一曾經擊敗她的英雄。